Les partenaires scientifiques du Laboratoire naturel sont le département des sciences de la Terre et de l’atmosphère de l’UQAM, l’Université de Montréal, le département de géographie de l’Université de Montréal,l’Institut de la recherche en biologie végétale (IRBV), l’Université McGill, le Centre d’études nordiques (CEN), le Ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs du Québec (MFFP), le Ministère du Développement durable, de l’Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques (MDDELCC) et Ouranos.
La SCABRIC (Société de Conservation et d’Aménagement du Bassin de la Rivière Châteauguay) assure les liens entre les chercheurs et la population locale impliquée, soit par la réalisation d’ateliers et la diffusion d’un plan directeur de l’eau.
Conservation de la Nature Canada coordonne l’ensemble des actions entreprises sur le terrain et assure la protection de territoires de part et d’autre de la frontière avec la participation de Nature Conservancy – Adirondack Chapter.