Toutes les espèces de salamandres présentes au Québec ont été observées sur le mont Covey Hill. Les plus abondantes sont :
- la salamandre sombre des montagnes (Desmognathus orchrophaeus)
- la salamandre pourpre (Gyrinophilus porphyriticus)
- la salamandre à deux lignes (Eurycea bislineata)
- la salamandre sombre du Nord (Desmognathus fuscus)
- la salamandre cendrée (Plethodon cinereus)
- la salamandre à quatre orteils (Hemidactylium scutatum)
- Un hybride entre les salamandres sombres des montagnes et les salamandres sombres du Nord y est également fréquent.
Bonin (1992) a été le premier à identifier la salamandre sombre des montagnes sur le mont Covey Hill, alors le seul endroit au Canada où l’espèce avait été observée. En 2004, une petite population de cette espèce a été identifiée dans les escarpements de la gorge Niagara, en Ontario. Au Québec et au Canada, la salamandre sombre des montagnes possède le statut d’espèce menacée (voir MFFP, COSEPAC et Alvo et Bonin, 2003). Ce statut indique qu’elle est susceptible d’être en danger d’extinction si les facteurs limitant son expansion ne sont pas renversés.
Parmi les autres espèces présentes, la salamandre pourpre a été désignée comme étant une espèce préoccupante au Canada, c’est-à-dire qu’elle est particulièrement sensible aux activités humaines ou à certains phénomènes naturels (Alvo et Bonin, 2003). La salamandre pourpre, la salamandre sombre du Nord et la salamandre à quatre orteils sont également des espèces susceptibles d’être désignées menacées ou vulnérables au Québec. Mis à part la salamandre à quatre orteils présente dans la tourbière, les autres espèces sont inféodées aux cours d’eau de la colline.
Les salamandres sont sensibles aux modifications du régime hydrique de leurs habitats pouvant résulter d’un déboisement ou d’un pompage excessif de la nappe. Les menaces auxquelles les salamandres font face ne sont toutefois pas toutes directement perceptibles et la pollution ou les changements climatiques pourraient aussi modifier leurs habitats, rendant impossible leur reproduction.
Le protocole de suivi à long terme des populations de la salamandre sombre des montagnes s’inscrit directement dans la mission du Laboratoire naturel, en plus de répondre à une des actions proposées par le plan de rétablissement des salamandres de ruisseaux au Québec. Accessoirement, le même protocole permettra de suivre les tendances des populations de la salamandre sombre du Nord, une autre espèce susceptible d’être désignée menacée ou vulnérable, et retrouvée souvent en sympatrie avec la salamandre sombre des montagnes à Covey Hill (Boutin, 2006). À ce jour, les résultats des travaux de Boutin (2006) sont très significatifs quant aux conditions d’habitats requises par les salamandres sombres. Des analyses statistiques multivariées démontrent clairement que les deux espèces du genre Desmognathus occupent des niches écologiques distinctes, alors que leurs hybrides semblent plutôt se comporter comme la salamandre sombre des montagnes. Les caractéristiques hydrobiologiques ainsi que les conditions du sol sont des variables prédictives de la présence d’une ou l’autre de ces espèces dans une parcelle. À partir des 63 sites échantillonnés par Boutin (2006), vingt sites ont été sélectionnés pour l’étude préliminaire de 2007, afin d’être en mesure de choisir les habitats les plus représentatifs de la salamandre sombre des montagnes dans l’établissement du protocole de suivi à long terme. Ces vingt sites ont été sélectionnés de façon à maximiser l’abondance des salamandres sombres des montagnes recensées en fonction des différents mois d’échantillonnage (mai à septembre), ou encore l’abondance des hybrides. De plus, dans le but d’arrimer le protocole de suivi des populations avec le réseau de stations hydrographiques du Laboratoire naturel de Covey Hill, les sites où une sonde de température de l’eau a été installée ont été privilégiés pour l’échantillonnage des salamandres (Lapointe, 2008)